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Per le assoluzioni dalle censure e per le dispense riservate al Sommo Pontefice, dalla fine del sec. XII si menziona il Cardinalis qui confessiones pro papa recipit, chiamato poenitentiarius sotto Onorio III (1216-27) poi poenitentiarius generalis o maior da Clemente V. Le sue facoltà non si estinguono con la morte del Papa (1311-1312). Fu assistito sin dal principio dai cappellani penitenzieri (poi minores), che sussistono anche oggi nelle quattro basiliche patriarcali dell'Urbe.

Già nel sec. XIII si trovano correctores, scriptores, distributores ed il sigillator; Benedetto XII aggiunse l'ufficio del doctor expertus in iure canonico (13 apr. 1338). L'ufficio del reggente esiste sotto Eugenio IV (13 apr. 1438), quello del datarius sotto Alessandro VI. San Pio V, dopo aver revocato completamente le facoltà del Cardinale Penitenziere e soppresso la Penitenzieria stessa (23 apr. 1569), la ricostituì (18 magg. 1569) radicalmente riformata, riducendo ad un minimo le facoltà del Cardinale Penitenziere in foro externo, e creando tra gli uffici il teologo (per privilegio riservato alla Compagnia di Gesù) e il canonista. Un nuovo riordinamento delle facoltà e della procedura si ebbe sotto Benedetto XIV (13 apr. 1744), le cui costituzioni rimasero, con alcune modificazioni, in vigore anche nelle riforme di San Pio X, che restrinse definitivamente la competenza al foro interno, e di Benedetto XV, che staccò dal Santo Uffizio la sezione delle Indulgenze, aggregandola alla Penitenzieria (25 mar. 1935), e servirono di base alla Cost. Quae divinitus di Pio XI (25 mar. 1935).

La Costituzione Apostolica Pastor Bonus (28 giu. 1988) conferma che la competenza del Tribunale della Penitenzieria comprende tutto ciò che spetta al foro interno anche non sacramentale ed inoltre tutto ciò che spetta alle concessioni e all'uso delle indulgenze, salvo il diritto della Congregazione della Dottrina della Fede di esaminare quanto riguarda la dottrina dommatica circa le indulgenze.