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Il cardinale Fernando Filoni è nato il 15 aprile 1946 a Manduria (Taranto, Italia) ed è stato ordinato sacerdote il 3 luglio 1970 per la diocesi di Nardò (Lecce). A Roma ha frequentato la Pontificia Università Lateranense (laurea in diritto canonico) e l’università statale La Sapienza (laurea in filosofia); presso la Pro Deo (oggi Libera Università Internazionale degli Studi Sociali - LUISS) ha ottenuto il diploma in Scienze e Tecniche dell’Opinione Pubblica, specializzandosi in giornalismo. Durante il periodo romano è stato vice-parroco, occupandosi in particolare dell’educazione dei giovani.
Al termine degli studi, gli fu proposto di entrare nella Pontificia Accademia Ecclesiastica ed ebbe come prima destinazione diplomatica lo Sri Lanka (1981); successivamente fu inviato in Iran (1983-1985) prima di essere chiamato in Segreteria di Stato, per occuparsi delle Organizzazioni internazionali. Nel 1989 fu dapprima trasferito in Brasile e poi a Hong Kong presso la Missione di Studio per occuparsi della Chiesa in Cina (1992-2001) dopo le prime aperture politiche introdotte da Deng Xiaoping in quel Paese. Il 17 gennaio 2001 fu eletto arcivescovo titolare di Volturno e nominato nunzio apostolico in Giordania e in Iraq. Ha ricevuto l’ordinazione episcopale da papa Giovanni Paolo II nella Basilica Vaticana il 19 marzo 2001.
A Baghdad (2001-2006) ha vissuto gli anni duri della seconda guerra del Golfo; poi Benedetto XVI lo ha designato dapprima rappresentante pontificio nelle Filippine (2006-2007) e poi sostituto per gli Affari Generali della Segreteria di Stato.
Il 10 maggio 2011 lo stesso pontefice lo nominava prefetto della Congregazione per l’Evangelizzazione dei Popoli, creandolo cardinale il 18 febbraio 2012, della Diaconia di Nostra Signora di Coromoto in San Giovanni di Dio. Il 26 giugno 2018 papa Francesco lo ha cooptato nell'Ordine dei Vescovi.
L’8 dicembre 2019 è stato nominato Gran Maestro dell’Ordine Equestre del Santo Sepolcro di Gerusalemme e prefetto emerito della Congregazione per l’Evangelizzazione dei Popoli.
È autore di vari scritti, tra cui il volume La Chiesa in Iraq, tradotto in diverse lingue.
È membro di varie Congregazioni.